법적으로 분명하지 않고 좀 애매한 면이 있지만, 윤총장이 말한 "검찰총장은 법무부 장관의 부하가 아니라는 말은 충분히 일리가 있는 말이다.
검찰청은 병무청, 경찰청, 국세청 같은 일반 '외청'과는 달리 법원처럼 독립성을 갖는 특별한 독립 외청인 "준사법기관"이다.
다른 청장들은 모두 차관급이지만 검찰총장은 장관급이므로 '청장'으로 부르지 않고 '총장'이라 부르는 것도 법무부장관과 대등한 직급이기 때문이다.
게다가 다른 청장은 임기 없이 모두 대통령이 그냥 임명 하지만 검찰총장은 독립기관이기 때문에 헌법 제89조 16호에 따라 국무회의 의결을 거쳐 임기2년을 보장해 임명 하고 있으며
검찰을 정치권의 압력을 방지하기 위하여 독립시키고 있지만, 워낙 국가의 막강한 권력기관이므로 혹시 권력남용으로 국민 피해를 우려해 독립기관화 하면서도 최소한의 감시와 견제 및 감독을 위해 법무부 산하에 배치해 법무부장관은 인사권과 예산권만 갖게 하면서 총장에게만 수사지휘를 할 수 있게 만든 것이기 때문에 총장은 장관의 부하가 아니고 서로 법집행 협력자로 한 것이 입법취지라는 것을 알 수 있다.
그러므로 법무부장관은 검찰총장에게만 임명권자인 대통령을 대신해 특별한 사안에 대해 연락하고 지휘해야 하는데 개별사건에 대해 하나하나 왈가왈부 하면서, 검찰총장을 배제하고 검사 들을 직접 수사지휘한다는 것은 분명히 검찰청법 위반이라는 것이다. 법무부장관이 직접 수사 지휘를 할 바에야 검찰총장이 필요없는 것 아니겠는가.
법무부장관은 검찰총장의 의견을 들어 인사발령을 하지 않고 협의 없이 혼자 멋대로 인사발령을 낸다는 것은 엄중한 법률 위반으로 행정무효 소송감이며, 헌법정신에도 거슬리는 불법이라 하지 않을 수 없는 것 이다.
예전의 법무부 장관들은 모두 이런 관례를 잘 지켜왔는데 추미애 법무부장관은 지금까지의 검찰사에 없는 독단적 행위를 하고 있다는 것에 대하여 많은 의문을 갖지 않을 수 없다.
법무부는 삼권분립 체제의 행정기관이고, 검찰은 법무부 소속으로 되어 있지만 법집행 수사기소권을 가지고 있는 준사법기관이며, 법무부와 검찰은 서로 독립된 기관으로 장관과 총장은 모두 '장관급' 으로 대등한 지위에 있지만 견제를 위해 장관이 총장의 의견을 들어 인사를 하고 수사에 대해서는 총장 한 사람을 통해서만 충고하라는 것으로 되어있다.
서로 대등한 장관급이기 때문에 인사 논의 때에도 전직 장관들은 총장을 법무부로 부르지 않고 예우를 갖추기 위해 제3의 장소에서 서로 회동하는 게 관례였는데, 지금의 법무부장관은 미리 정해 놓은 뒤, 발표 직전에 법무부로 불렀고, "내 명을 어겼다"고 마치 부하 다루듯 한 것이 얼마나 그랬으면 윤총장 입에서 부하 아니라는 말이 나왔겠느냐 하는 것을 짐작해 볼 수 있다. 또 대검찰청을 대법원과 같이 있게 하고 고등검찰청도 고등법원과 같이 있게 하며 지방 검찰청도 같이 있게 하면서 호칭도 검찰청장이 아닌 차관급 검사장으로 하고 있기 때문에 검찰총장은 임기가 보장된 장관급이라는 것은 두말할 필요가 없다.
뿐만 아니라 검사는 검찰권을 행사하는 독립된 사법관으로서 범죄를 수사하고 공소를 제기하며 재판을 집행한다는 것을 생각할 때 행정부에 속하는 법무부장관이 준 사법기관인 검사에게 수사 지휘를 직접한다는 것은 삼권분립의 헌법 체제를 무시하는 것과 조금도 다를 게 없는 것이다.
또한, 윤석열 검찰총장을 두고 언론과 정치권에서 차기 대권주자로 거론하면서 여당권에서는 이낙연, 이재명을 선두주자로 하고 야당권에서는 윤총장을 선두 주자로 평가하고 있는 것을 볼 수 있는데, 여당권에서 윤총장을 집중공격하면서 사퇴압박을 하고 있는 마당에 왜 갑자기 여론조사 17%까지 상승하게 되었는지 이 문제에 대해 면밀히 분석해 보지 않으면 안될 것 같은 생각이 들기도 한다. 임기 2년이 보장되어 있는 윤총장을 몰아내려하고 있지만 윤총장은 꿈적도 안하고 있기 때문에 여당권에서 전략 전술을 바꾸어 여론조사를 부풀려 야당권 차기 대선주자 1순위를 만들어 스스로 사표를 내고 나갈 수 있도록 하기 위한 고도의 술수는 아닌지 많은 의문을 제기하지 않을 수 없다.
이조 5백년 역사에서도 임금 밑에 정1품의 정승이 있었고 정2품의 형조판서가 있었지만 종1품의 판의금부사가 있었다는 것을 비교해 보드라도 지금의 법무부장관과 검찰총장은 상하관계가 아니라는 것을 짐작하고도 남음이 있다.
입법, 행정, 사법의 삼권분립에서 대통령은 행정수반으로 국가원수 이지만 입법부의 국회의장과 행정부의 국무총리, 사법부의 대법원장이 있는 상황에서 법무부 장관은 행정부의 국무총리 산하에 있고 대검찰청은 법무부에 속해 있다 할지라도 사법부의 대법원에 대응하는 준사법기관이라는 것을 생각할 때 검찰총장은 법무부장관의 부하가 될 수 없다는 것은 두말할 필요가 없다.